Le traitement correspond à celui de la cause mise en évidence, à savoir celui de la pathologie colorectale ou du prolapsus pelvien ou rectal, par exemple.
Tout trouble du transit doit être traité médicalement (constipation ou diarrhée), et en adoptant une alimentation permettant d’avoir un transit satisfaisant (augmentation des fibres ingérées au moyen du son des céréales, de légumes verts et de fruits).
Il faut également éviter de différer les envies défécatoires et pratiquer une activité physique.
Si l’incontinence anale persiste, elle se soigne dans 70 % des cas grâce à la rééducation anorectale réalisée par un kinésithérapeute (ou une sage femme en cas d’incontinence anale post-obstétricale). Au minimum 10-15 séances sont nécessaires. Cette rééducation musculaire mais aussi en sensibilité et coordination est indiquée s’il existe une faiblesse du sphincter externe. Elle peut être conduite par biofeedback, à l’aide d’une sonde équipée d’un capteur de pression introduite dans l’anus (des électrodes périnéales peuvent également être utilisées). Cette méthode permet la visualisation par le patient, sur un écran, des efforts de contraction des sphincters. La neurostimulation électrique transcutanée (TENS) est une autre méthode possible.
Lorsque le sphincter externe est rompu, la réfection chirurgicale du sphincter par suture (« sphinctérorraphie ») peut être envisagée. Grâce à cette réparation, un patient sur deux est continent jusqu’à 5 ans après l’intervention.
En revanche, lorsque les sphincters externes sont intacts ou peu atteints mais que les nerfs ne sont plus en mesure de les commander, la neuromodulation permet d'améliorer la continence. Cette technique vise à stimuler les racines nerveuses autour de l'anus et du rectum (racine sacrée) en envoyant des impulsions électriques permanente aux nerfs au moyen d’électrodes. Un test de stimulation de trois semaines précède l’implantation définitive d’un pacemaker sous la peau. Environ 50 à 60 % des personnes retrouvent alors une continence satisfaisante.
Dans certains centres de soins, des irrigations coliques antérogrades par caecostomie sont réalisées, réservées aux incontinences réfractaires. Le chirurgien pratique un petit trou dans le côlon droit pour l’irriguer par introduction d’un liquide et ainsi le vider (irrigations antérogrades).
Il existe également des appareils de lavement gérés au jour le jour par le patient (irrigations rétrogrades).
Dans les incontinences sévères, une colostomie, solution de dernier recours, peut améliorer une qualité de vie très altérée. Une partie mobile du côlon est abouchée à la peau afin d'éliminer directement les matières fécales.
D’autres solutions sont à l’étude, comme les injections intra-rectales de toxine botulique A qui réduisent les contractions rectales et limitent les selles impérieuses.
